La falta de oxígeno (anoxia) es la causa principal de la muerte de los peces y crustáceos en el Mar Menor. Esa falta de oxígeno es el resultado final, la última y letal etapa, del largo proceso de degradación y contaminación activa (eutrofización) que se desencadena en la laguna en determinadas condiciones ambientales.

El problema tiene su origen, sobre todo, en la aportación masiva de nutrientes procedentes principalmente de la fertilización de los campos agrícolas (nitratos y fósforo) y los residuos ganaderos ganaderos mal manejados que llegan a la laguna.

Todo eso da lugar a que caudales y escorrentías de agua alimenten de manera incesante las algas microscópicas (fitoplancton) presentes en la columna de agua cuya proliferación provoca efectos muy perjudiciales, pues se convierte en una bomba de relojería.

La proliferación de estas algas, en episodios de altas temperaturas, es tan acusado, que, al final, se enturbia y oscurece el agua (forma una especie de sopa verde) que impide que la luz solar llegue hasta las capas más bajas.

Como consecuencia de todo ello, la vegetación de los fondos no puede desarrollar la fotosíntesis.

La vegetación del fondo deja de producir oxígeno y muere.

Todo esto desencadena diversos procesos. Empiezan a actuar las bacterias que no sólo no producen oxígeno, sino que además lo consumen.

El resultado es que la materia orgánica en las capas bajas de la laguna puede entrar en descomposición hasta provocar la emisión de compuestos tóxicos, que afectan a la fauna.

En el año 2019, la entrada de agua procedente de la DANA (gota fría) provocó la formación de dos capas diferenciadas: una menos salina y menos densa arriba, y otra más salina y densa en el fondo. Esta última, estaba sufriendo un proceso previo de eutrofización que acabó dominado por bacterias anaeróbicas que consumieron todo el oxígeno y generaron compuestos tóxicos. Toda la vida afectada por esta masa de agua profunda desapareció y al aflorar, esta masa de agua arrastró a todas las especies móviles

Estas especie huyeron hacia las capas superiores buscando oxígeno e intentando escapar de los compuestos tóxicos.

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